Бекон проводить класіфікацію наук згідно з трьома властивостями розумної душі і виділяє: історію, поєзію, філософію. Історія спирається на пам’ять, поєзія – на фантазію, філософія – на розум.

У свою чергу, філософія, оскільки її об’єктами є Бог і людина, поділяється на філософію природи та пізнання людини. До філософії про людину належать всі науки, які вивчають душу,тіло, пам’ять і т.п.

На противагу цьому предметом теології є віра, а не розум. Бекон іронізує, що ми повинні вірити слову божому, не дивлячись на опір нашого розуму; тим більшу честь ми воздаємо Богові.

Знання філософської теорії Бекона полягає у відкиданні спекулятивного споглядального підходу до світу, характерного для пізьньої середньовічної філософії. Це спричинило до формування філософських поглядів Нового часу.