Найтінгейл, місіс Міллер і Партрідж часто відвідують Тома у в'язниці.Незабаром до нього приходить та сама місіс Вотерс, випадковий зв'язок з якого призвела до сварки з Софією. Після того як Том залишив Елтон, місіс Вотерс познайомилася там з Фітцпатрік, стала його коханкою і поїхала разом з ним. Дізнавшись від Фітцпатрік про його недавньому зіткненні з Томом, вона поспішила відвідати нещасного в'язня. Том з полегшенням дізнається, що Фітцпатрік цілий і неушкоджений. Партрідж, який також прийшов відвідати Тома, повідомляє йому, що жінка, яка називає себе місіс Вотерс, насправді - Дженні Джонс, рідна мати Тома. Том в жаху: він згрішив з власною матір'ю.Партрідж, який ніколи не вмів тримати язик за зубами, розповідає про це Олверті, і той негайно викликає місіс Вотерс до себе. Поставши перед своїм колишнім господарем і дізнавшись від нього, що Том - той самий немовля, якого вона підкинула в будинок сквайра, Дженні нарешті наважується розповісти Олверті про все, що їй відомо. Виявляється, що ні вона, ні Партрідж непричетні до народження дитини. Батько Тома - син одного Олверті, який колись прожив в будинку сквайра рік і помер від віспи, а мати - не хто інша, як рідна сестра сквайра, Бріджет. Боячись засудження брата, Бріджет приховала від нього, що народила дитину, і за велику винагороду вмовила Дженні підкинути хлопчика в їхній будинок. Старий слуга Олверті, почувши, що сквайр дізнався всю правду, визнається господареві, що Бріджет на смертному одрі відкрила йому свою таємницю і написала братові лист, який він вручив містеру Блайфілу, бо Олверті в той момент був без свідомості. Тільки тепер Олверті здогадується про підступність Блайфіла, який, бажаючи прибрати до рук статки сквайра, приховав від нього, що вони з Томом - рідні брати. Незабаром Олверті отримує лист від колишнього вчителя хлопчика, філософа Сквейра. У ньому він повідомляє сквайрові про те, що лежить при смерті і вважає своїм обов'язком сказати йому всю правду.Сквейр, який ніколи не любив Тома, щиро кається: він знав, що Блайфіл обмовив Тома, але, замість того щоб викрити Блайфіла, вважав за краще промовчати. Олверті дізнається, що один Том був невтішний, коли сквайр був між життям і смертю, а причиною настільки непомірне радості юнака було якраз одужання його названого батька.

Олверті, дізнавшись всю правду про своє племінника, щиро кається в усьому, що сталося, і проклинає невдячного Блайфіла. Оскільки Фітцпатрік не пред'явив Тому ніяких звинувачень, його звільняють з в'язниці. Олверті просить вибачення у Тома, але благородний Том ні в чому не звинувачує сквайра,

Найтінгейл розповідає Софії про те, що Том і не збирався одружуватися на леді Белластон, оскільки це він, Найтінгейл, підмовив Тома написати їй той лист, який вона бачила. Том є до Софії і знову просить її руки. Сквайр Вестерн, дізнавшись про намір Олверті зробити Тома своїм спадкоємцем, з радістю дає свою згоду на їхній шлюб. Закохані після весілля їдуть в село і щасливо живуть далеко від міської суєти.